helixforge utils qc

Genome-wide QC report (HTML/JSON/TSV).

Options

Option	Description
--gff3	Reconciled GFF3. (required)
--genome	Reference genome FASTA.
--helixer-h5	Helixer HDF5.
--out	Output report path. (required)
--format	Output format [default: html]. (choices: html/json/tsv; default: html)

Examples

  helixforge utils qc --gff3 helixforge.gff3 --out report.html

  helixforge utils qc --gff3 helixforge.gff3 --genome genome.fa \
      --helixer-h5 predictions.h5 --out report.json --format json